به منظور پیگیری، نظارت و اجرای برنامه‌های پژوهشی، معاونت پژوهشی پژوهشگاه تعریف و با سه مدیریت امور پژوهشی، مدیریت ارتباطات علمی و پژوهشی و مدیریت مرکز اسناد و اطلاع رسانی فعالیت می‌کند. 

وظایف معاونت پژوهشی

• اداره و نظارت بر حسن اجرای کلیهٔ امور پژوهشی، کتابخانه ها و بانک های اطلاعاتی پژوهشگاه، مطابق با مصوبات، مقررات و آیین نامه های مربوط
• برنامه ریزی و سیاستگذاری به منظور ارتقا و افزایش سطح همکاری های علمی و بین المللی
• اولویت بخشی به نوآوری در حوزهٔ نظری و پژوهش های کاربردی حوزه فرهنگ، هنر و رسانه
• کنترل و نظارت بر فرایندهای پژوهشی پژوهشگاه بر اساس زمان بندی طرح نامه های مصوّب
• مطالعات لازم در زمینهٔ ارزشیابی فعالیت‌های پژوهشی و ارزیابی عملکرد پژوهشی سالانه برای ارائه به رئیس پژوهشگاه
• ایجاد ارتباط لازم با مؤسسات داخلی و خارجی به منظور همکاری در امور پژوهشی و مبادلهٔ خدمات علمی
• همکاری در ارائهٔ خدمات علمی، فرهنگی و اجتماعی و برگزاری سمینارها و کنفرانس‌های علمی و اجرای کلیهٔ امور قراردادهای تحقیقاتی و خدماتی‌بین پژوهشگاه و سایر مؤسسات
• ‌برنامه‌ریزی برای استفادهٔ اعضای هیأت علمی از فرصت‌های مطالعاتی داخل و خارج از کشور(اعم از مراکز علمی- پژوهشی حوزوی و دانشگاهی) برابر ضوابط مصوّب
• تهیهٔ برنامهٔ پژوهشی پژوهشگاه و ارائهٔ اهداف و تعیین اولویت‌های پژوهشی در قالب برنامه‌های میان مدت و بلند مدت
• بررسی و ارزیابی فعالیت‌های پژوهشگاه در چارچوب برنامه‌های رشد و توسعهٔ کشور بر اساس اهداف سند چشم انداز و برنامه های توسعه و نقشهٔ جامع علمی کشور در بخش فرهنگ و هنر برای طرح در هیأت رئیسه
• شناسایی و تعریف موضوعات و برنامه های علمی ـ پژوهشی مشترک و برنامه ریزی برای تأمین امکانات و تخصیص اعتبار لازم جهت تعامل علمی

معاون پژوهشی پژوهشگاه در حال حاضر دکتر میثم مهدیار است.